1946年，抗日战争胜利。清华大学，北京大学及南开大学三校的热诚合作宣告结束，各校从昆明迁回原校址。清华大学迁回北京后，工学院除保留原有的土木、机械、电机三系外，另增设了化学工程系、航空工程系，并新建了建筑工程系，共6个学系。此时, 土木工程系教师增加到26人，其中教授级10人。

　　当时清华园由于被日寇占领了8年，所有图书馆及实验室设备均被运走或遭破坏，所以重建实验室是那时最重要的任务。待修复的实验室有材料实验室、道路工程实验室、卫生工程实验室及水力实验室。另要增设土壤实验室。

　　1952年，党中央对高等院校进行大规模的院系调整。清华大学文、理、法三学院全部师生都调到北京大学。北京大学在抗战期间成立的工学院师生调来清华。清华原有的土木工程系，扩展为土木工程系和水利工程系。