根据青藏高原研究所建所方案，青藏高原研究所由北京部、拉萨部和昆明部三部组成。2005年3月31日，中国科学院陈竺副院长专门主持召开了昆明部建设启动协调会，生物局、资环局、青藏高原所及昆明植物所有关领导出席会议。会议审核了《青藏高原研究所昆明部启动工作方案》，明确了青藏高原研究所昆明部的领导机制、人员编制、队伍建设、研究方向、运行模式、经费使用等一系列事宜。随后，依托昆明种质资源库的建设，青藏高原研究所昆明部的基建、人员招聘等工作开始启动。

　　2006年4月14日，昆明植物所杨永平副所长赴北京商谈昆明部的建设、运行细节，介绍了昆明部的人员招聘、基建工程等的进展情况。

　　2006年5月2日至7日，昆明植物所杨永平副所长和青藏高原所姚檀栋所长共赴青藏高原，就昆明部未来的研究方向及两所的合作领域进行了考察，共同探索两所优势领域的结合。

　　2006年5月21日，青藏高原研究所姚檀栋所长赴昆明与中科院昆明植物所李德珠所长会谈，商讨两所的合作及青藏高原研究所昆明部的建设发展事宜。昆明植物所对此事十分重视，杨永平副所长、刘吉开副所长、甘烦远副所长、科技处王雨华处长、昆明分院办公室贺开平主任也参加了此次会谈。

　　青藏高原所姚檀栋所长首先参观了种质资源库的建设工地。在种质资源库建设工地，昆明分院贺开平主任介绍了种质资源库的建设情况，杨永平副所长详细介绍了位于种质资源库三楼的青藏所昆明部的基建情况及未来办公室、实验室、会议室等的功能规划和分布格局。按目前的建设进度，青藏所昆明分部有望于今年10月份投入使用。

　　随后，植物所李德珠所长、甘烦远、刘吉开、杨永平副所长和青藏所姚檀栋所长及两所科技处负责人共同商讨了青藏所昆明部的建设发展及两所共同开展青藏高原科学研究的事宜。经过双方讨论认为，两所的合作不能局限于青藏所昆明部的共同建设，而应发挥两所各自优势，在青藏高原植物物种、生态适应性、冰芯微生物、高等真菌等多方面开展合作，并与国际山地综合发展中心（ICIMOD）等国际组织加强合作，实现地学和生物学的良好结合，为做出国际一流科研成果共同努力。